Em 1996, entraram produção motor seu 6.000 hp (4.470 kW), 16 cilindros-H , e todas as SD90MACs feitas a partir de então utilizava-o para como seu principal motor. Locomotivas equipadas com este motor são muitas vezes referidos como SD90MAC-H . Versões posteriores da SD90MAC-H coma a Fase II cab, com um nariz novo, que oferece maior visibilidade a partir da cabina do que o nariz antigo. A SD90MAC-H não provou ser popular com as ferrovias e menos de 70 foram construídas, incluindo as unidades de demonstração EMD. Desde o SD90MAC-H tinha como uma grande locomotiva primária, que não oferecem a mesma flexibilidade operacional de unidades menores, limitando sua base de clientes possível apenas os maiores ferrovias. Além disso, uma vez que o motor H- era um projeto novo que não tinha alcançado o mesmo nível de confiabilidade que o motor anterior EMD. A baixa confiabilidade em um motor tão grande foi uma combinação especialmente ruim, já que a perda de um motor em um trem significou a perda de uma maior percentagem de esforço de tração do que a falha de uma loco menor. No final, o SD90MAC-H foi apenas entregue a duas ferrovias, a Union Pacific Railroad e da Canadian Pacific Railway. As locomotivas Canadian Pacific eram parte de uma ordem anterior para locomotivas SD90/43MAC que ainda estava em produção quando EMD mudou para o motor H.
EMD também tentou oferecer uma versão de menor potência do SD90MAC com um motor de 12 cilindros chamado de SD89MAC, mas nenhum deles foram produzidos além do protótipo.
Em 01 de agosto de 2008 Union Pacific Railroad anunciou que iria retirar as21 locomotivas SD90MAC. De acordo com fontes Partes comuns serão usados para manter a frota da ferrovia SD9043MAC com motor 710 . O principal motor 265H será desmanchado ou vendido para exportação. A única parte que não é reutilizável será o chassi. Estas unidades, da série 8900 será removido do armazenamento em Denver, e ser enviado para East St. Louis, Illinois, em pequenos lotes para serem desmachadas.
Desde janeiro de 2009,locomotivas CPR SD90MAC-H 9300-9303 (listado como SD90MAC6000s) foram a leilão. a licitação termina 31 de março de 2010. Eles estão atualmente armazenadas em Winnipeg, Manitoba. No final de licitação que tenham sido vendidos no exterior e estão sendo enviados via Porto de Montreal.
Resumindo: as SD90 foram um fracasso total,bebiam muito e não cumpriam o prometido,so restaram algumas unidades,que ainda estão rodando mas não pela union pcific.
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